ايجاد روحيه‌ي جستجوگري و پرورش قدرت تفكر در حوزه‌هاي مختلف، يكي از اهداف معاونت پژوهشي مركز است. آموزش پژوهش‌محور و آماده‌سازي زمينه‌ي مطالعه و تحقيق در علوم انساني يكي از دلايل راه‌اندازي پژوهشگاه فرهنگ اسلامي است. فضاي پژوهشگاه در برگيرنده نمازخانه‌ي مركز و كتابخانه‌ي تخصصي علوم انساني است كه کتابهایی گوناگون در موضوعات مختلف را در بر دارد و حضور مداوم معاونت تربيتي، مشاورين و معلمين تواناي مركز در پژوهشگاه، اين امكان را فراهم مي‌آورد تا دانش‌آموزان علاقمند در حوزه‌هاي مختلف به مطالعه و تحقيق بپردازند و نتايج اين فعاليت‌ها را در سمينار علوم و فنون مركز ـ كه هر ساله برگزار مي‌شود ـ ارائه دهند. ارتباط نزديك معاونت تربيتي با گروه‌هاي علمي ـ آموزشي و مشاورين مركز و همچنين ارتباط با مراكز تحقيقاتي خارج از مركز، زمينه‌ي مساعدي را براي رشد و پرورش استعدادهاي درخشان فراهم نموده است.
در كنار اين فعاليت‌ها، توجه خاص به زيباسازي نمازخانه، كتابخانه، محوطه‌ي خارجي نمازخانه شامل سقاخانه‌ی شهداي سمپاد و وضوخانه مركز، بر جذابيت‌هاي پژوهشگاه افزوده است.